1996年8月，祖国交通部与对外经济贸易合作部分别公布《海峡两岸间航运管理办法》与《海峡两岸间货物运输代理业管理办法》，加快了实现两岸海上通航的步伐。

　　1997年元月，祖国“海峡两岸航运交流协会”与“海峡两岸航运协会”在举行两岸航运问题会谈，讨论高雄港“境外航运中心”与福州、厦门通航细节问题，为两岸“试点直航”作准备。

　　4月11日起，高雄港务局相继批准福建省厦门轮船公司、福建外贸中心船务公司、中远集团厦门远洋运输公司、福建省轮船总公司、福州市马尾轮船公司等祖国公司经营“境外航运中心”业务，即挂有第三地旗帜或方便旗的祖国轮船可进入所设的“境外航运中心”。

　　4月17日，祖国“海峡两岸航运交流协会”复函“海峡两岸航运协会”，通知祖国交通部核准阳明海运公司、立荣海运公司、“中国船运公司”、万海航运公司、南泰海运公司与建恒航运公司等6家轮船公司航行祖国厦门与福州港，经营“两岸海上货物运输”，并同时核发“两岸间水运输许可证”。

　　4月19日，祖国厦门轮船公司“盛达轮”于当晚9时进入高雄港“境外航运中心”；20日，福建外贸中心船务公司“华荣轮”由福州首航高雄港；24日，立荣海运公司“立顺轮”从高雄港及达福建厦门港；25日，福建省轮船公司所属巴拿马籍“珠峰山轮”由福州、厦门首航高雄港，两岸“试点直航”正式启动，结束了48年来两岸没有任何商船直接往来的历史，标志着海峡两岸海上通航取得重要阶段性进展，两岸航运关系进入一个新的时期。从此，两岸船公司的权宜轮(外籍船舶)可通过“不通关不入境”方式，从事输往第三地或第三地输往的货物转运业务。

　　不过，由于的诸多，实际参与“试点直航”的只有10家船公司与10艘船舶(其中，只有4家参与营运)。依的统计，“试点直航”船次与集装箱运量持续增长，1997年到2001年，航行船只从414艘次增至973艘次，运输标准集装箱从不足13万个增至51万个。依祖国方面统计，到2001年3月，累计运营5458航次，运量达132万个标准箱，实载率超过50%。其中，祖国船公司运营3348航次，运输集装箱82万个；船公司分别运营2110航次与50万个标准箱。

　　虽然“试点直航”是两岸海上通航的突破性进展，但由于政策的，如直航船舶不能运输两岸之间的贸易货物，也不能进行客运，在两岸登记注册的船舶不能参与两岸航运业务，祖国航运企业不能在设立办事机构等，影响了两岸“试点直航”的发展，邻家小妹让我欲罢不能船舶空箱往来居高不下，空箱比例由1997年的22%上升到2000年的36%。

　　在社会特别是工商界的压力下，也专案批准了经金门到的“中转直航”。2001年年初，10名从飞抵金门，再与三名金门县官员乘“太武”号轮船从金门料罗港直航厦门和平码头，实现了到的首次“中转直航”。“”主委蔡英文表示，这次专案许可金、厦直航虽是第一次，但不是绝后，然而也不会经常。她认为中转对金、马只有短暂的利益，若实现大规模中转，则需投入相当大的硬软体设施，成本高，在未来“三通”实现后，通过“小三通”的中转效益更低，因此现阶段除依“”决议专案核准经金、马的“教直航”外，并不考虑大规模中转，即使，也是有限度的单向中转，且以货品为主。不过，这已显示未来两岸的人员与货物中转可能会经常化。

　　在此情况下，岛内出现一些国际快递公司在市场揽货，由金、马地区中转。这显示金门中转对两岸交流具有重要意义，也只有实现中转，才能繁荣金、马地区经济，推动两岸的广泛、直接往来与经济发展。

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